БИОХИМИЯ, 2003, том 68, вып. 10, с. 1395–1406
УДК 577.151.01
Граф-теоретический метод поиска и анализа критических явлений в биохимических системах. II. Кинетические модели биохимических осцилляторов с участием двух и трех веществ
Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН
Поступила в редакцию 21.01.2003
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: граф, колебания, математическое моделирование.
Аннотация
С использованием графических правил построены и изучены четыре кинетические модели гипотетических сложных реакций, которые содержат минимальные осцилляторы с участием двух и трех веществ. Исследованные модели могут быть частью одной из четырех рассмотренных обобщенных биохимических систем: 1) система взаимного фосфорилирования-дефосфорилирования белков; 2) автофосфорилирование многосубъединичного белка; 3) процесс ассоциации-диссоциации белка или белковых структур при взаимодействиях белок–белок, белок–лиганд; 4) двухсубстратная ферментативная реакция с субстратным угнетением по одному из субстратов. Рассмотрены графические правила связей осциллятора с его окружением. Получены графические критерии элиминирования генератора колебаний и признаки затухающих колебаний. Методом численного интегрирования математических моделей рассмотренных реакций получены затухающие и незатухающие колебания компонентов реакций. Найдены области изменения параметров и переменных моделей, в которых существуют колебания.