БИОХИМИЯ, 2003, том 68, вып. 2, с. 274–282

УДК 577.123

Влияние структуры ДНК-лиганда к Taq ДНК-полимеразе на специфичность ДНК-белкового взаимодействия

© 2003 О.Ю. Якимович 1*, Я.И. Алексеев 2, А.В. Максименко 1, О.Л. Воронина 3, В.Г. Лунин 1

1 Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной биотехнологии РАСХН

2 ЗАО «СИНТОЛ»

3 Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН

Поступила в редакцию 15.05.2002
После доработки 17.07.2002

КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: ДНК-лиганды, дизайн ДНК-аптамеров, Taq ДНК-полимераза, ДНК-белковый комплекс, ПЦР.

Аннотация

Исследована вторичная структура ДНК-аптамера к Taq ДНК-полимеразе. Показано, что ДНК-аптамер обладает вторичной структурой шпилечного типа. Установлено, что для взаимодействия с Taq ДНК-полимеразой принципиальными являются двутяжевой участок и фрагмент петли ДНК-лиганда. Определен состав ДНК-аптамера, наиболее эффективно ингибирующего ДНК-полимеразную активность фермента: двутяжевой участок, превышающий по длине 17 п.о., в котором преобладают G : C-основания, и петля из 12 оснований со строго определенной последовательностью нуклеотидов. Показано, что при взаимодействии аптамера с Taq ДНК-полимеразой в непосредственном контакте с ферментом находится 23-е основание от 5′-конца ДНК-лиганда. Оптимизированный с учетом результатов исследований ДНК-лиганд (TQ21-11) обладает в 5 раз большим сродством к ферменту, чем исходный аптамер.

Текст статьи

Пожалуйста, введите код, чтобы получить PDF файл с полным текстом статьи:

captcha

Сноски

* Адресат для корреспонденции и запросов оттисков.