Некоторые свойства сайт-специфической никазы BspD6I и возможность ее применения в гибридизационном анализе ДНК

1 Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН

2 Институт белка РАН

Поступила в редакцию 05.11.2001
После доработки 30.11.2001

КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: сайт-специфические никазы, гибридизация нуклеиновых кислот, эндонуклеазы рестрикции, молекулярные биконы.

Аннотация

На основе свойства сайт-специфических никаз расщеплять только одну цепь ДНК предложен новый метод гибридизационного анализа нуклеиновых кислот. Метод основан на использовании меченого олигонуклеотида с сайтом узнавания никазы, гибридизующегося с мишенью (ДНК или РНК) при оптимальной температуре работы фермента (55°). Образующиеся после расщепления никазой два более коротких олигонуклеотида уже не дают комплекса с мишенью. Таким образом, на одной молекуле-мишени происходит многократное расщепление меченого олигонуклеотида. Расщепление олигонуклеотида регистрируется либо электрофорезом в полиакриламидном геле (если используется радиоактивно меченый олигонуклеотид), либо по измерению флуоресценции (если олигонуклеотид имеет структуру молекулярного бикона). Предложенный метод продемонстрирован с использованием никазы BspD6I и радиоактивно меченого олигонуклеотида, комплементарного полилинкерной области вирусной цепи ДНК бактериофага M13mp19. К сожалению, никаза BspD6I не расщепляет ДНК в составе РНК-ДНК дуплексов и поэтому не может быть использована для детектирования РНК-мишеней.

Текст статьи

Сноски

* Адресат для корреспонденции и запросов оттисков.