БИОХИМИЯ, 1998, том 63, вып. 3, с. 293–299
УДК 577.1
Эмпирические потенциалы — назад к истокам
Обзор
Поступила в редакцию 10.07.1997
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: свертывание белков, потенциал средней силы, функция радиального распределения, предсказание структуры, статистическая механика.
Аннотация
Использование экспериментально определенных величин в теории структуры белков находит широкое применение. В то же время их теоретические основы, физическая интерпретация и спектр применения остаются неопределенными и даже противоречивыми. Более того, в современной литературе наряду с такими неясными и расплывчатыми терминами, как «псевдоэнергия», «энергоподобная величина» или «истинная энергия», встречаются и термины типа «потенциал средней силы», соответствующие хорошо определенным концепциям. Кажущееся противоречие результатов во многих случаях является следствием несогласованности в терминологии. Часто подобные проблемы разрешаются, если четко определить физическую природу рассматриваемых величин. В настоящей работе рассмотрены фундаментальные принципы теории потенциалов средних сил и функций радиального распределения в том виде, как они определяются в статистической механике, и применение этих принципов к термину «эмпирический потенциал».