БИОХИМИЯ, 1996, том 61, вып. 11, с. 1971–1983
УДК 577.123
Фосфатные участки РНК-лигандов, взаимодействующие с рибосомой на различных стадиях трансляции. Изучение с помощью тиофосфатного метода.
Обзор
Поступила в редакцию 31.07.1996
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: рибосома, мРНК, тРНК, тиофосфаты, футпринтинг, элонгация.
Аннотация
Несколько лег назад был разработан новый метод футпринтинга, который позволяет идентифицировать фосфатные группы РНК, вовлеченные в сильные РНК-РНК и РНК-белковые взаимодействия. В основу метода положена способность молекулы иода расщеплять цепь РНК по положениям, в которых находятся тиофосфатные группы, в том случае, если они не защищены от действия иода какими-либо другими компонентами исследуемой системы. В данной статье мы предлагаем обзор наших недавних исследований участков мРНК и тРНК, защищаемых в активных рибосомах, при этом мы изучали рибосомы на стадии инициации, а также в пре- и посттранслокационном состоянии. В случае мРНК в элонгационных комплексах была обнаружена только слабозащищенная фосфатная группа, расположенная у основания за два нуклеотида перед кодоном в декодирующем центре, в то время как в инициаторном комплексе защищались также фосфатные группы в последовательности Шайн-Дальгарно. Никаких защит в области, расположенной за декодирующим центром, найдено не было. Наоборот, в тРНК было обнаружено значительное количество фосфатных остатков, защищаемых рибосомой. Спектр защищенных фосфатных остатков в тРНК сильно различался для двух тРНК, связанных с рибосомой одновременно. В то же время этот спектр для каждой индивидуальной тРНК оставался практически неизменным после транслокации. Эти результаты показывают, что обе молекулы тРНК прочно связаны с рибосомой, в то время как мРНК в основном фиксирована в рибосоме с помощью двух тРНК посредством кодон-антикодоновых взаимодействий. В статье высказывается предположение о возможном механизме транслокации