БИОХИМИЯ, 1983, том 48, вып. 6, с. 937–943
УДК 577.152.344
Структурные основы специфичности тромбина. Роль вторичных взаимодействий
Аннотация
Исследовано каталитическое действие тромбина на эфиры строения: Tos-P2-Arg-OCH3 и Tos-P3-P2-Arg-OCH3, где P2 и P3 — остатки L-, D- или N-метилированных аминокислот. В стационарных условиях при pH 8,5 определены значения kкат и Km(каж). На основании полученных результатов и литературных данных предполагается, что одной из причин снижения реакционной способности тромбина по сравнению с трипсином является уменьшение гидрофобности окружения Asp-102 каталитического центра тромбина. В связи с этим фермент способен расщеплять эффективно только те пептиды, которые могут дополнительно экранировать аспартат-102 от растворителя. Вероятно, главную роль в этом играют боковые цепи аминокислот в подцентрах P2 и P9, что предполагает наличие на участке P7-P4 субстратов тромбина β-поворота полипептидной цепи.