Фотоактивируемые ДНК-аналоги субстратов белков системы эксцизионной репарации нуклеотидов и их взаимодействие с белками NER-компетентного экстракта клеток HeLa^*

Аннотация

Созданы фотоактивируемые ДНК-аналоги субстратов NER, представляющие собой 48-звенные дуплексы, содержащие во внутренних позициях пиримидиновые нуклеотиды с объемными заместителями, имитирующими повреждение. В качестве модельных повреждений использованы фторхлоразидопиридильная и антраценильная группировки, введенные с помощью спейсерных фрагментов по 4N– и 5C-положениям dСMP и dUMP. С применением методов задержки в геле и фотоаффинной модификации исследовано взаимодействие модифицированных ДНК-дуплексов с белками в экстрактах клеток HeLa, содержащих основные компоненты белковых комплексов эксцизионной репарации нуклеотидов (NER). Показано, что белки экстракта связываются и образуют ковалентные аддукты с модельными ДНК избирательно. Эффективность и направленность модификации белков зависят от структуры используемого ДНК-дуплекса. Оценены кажущиеся молекулярные массы белков экстракта, подвергающихся модификации. Проанализировано взаимное влияние на взаимодействие с модельными ДНК одновременного присутствия белков экстракта и очищенных рекомбинантных белковых факторов NER – ХРС-HR23B, XPA и RPA. Омечено, что белки экстракта и RPA конкурируют за взаимодействие с фотоактивной ДНК, взаимно снижая выход продуктов модификации. При этом присутствие белков экстракта в определенных концентрациях приводит к двукратному увеличению выхода ковалентных аддуктов, образуемых ХРС. Высказано предположение, что взаимодействию ХРС-субъединицы с ДНК способствует эндогенный HR23B, присутствующий в экстракте. Наиболее вероятно, что взаимное влияние ХРА и белков экстракта, стимулирующее образование ковалентных аддуктов с модельными ДНК, обусловлено взаимодействием ХРА с эндогенным RPA экстракта. С применением техники, основанной на использовании специфических антител, установлено, что одной из мишеней модификации для фотоактивных ДНК, имитирующих субстраты NER, является содержащийся в экстракте RPA.

Текст статьи

Пожалуйста, введите код, чтобы получить PDF файл с полным текстом статьи: