БИОХИМИЯ, 2009, том 74, вып. 3, с. 389–403

УДК 577.322

Сравнение переходных состояний для иммуноглобулинсвязывающих доменов белков L и G, полученных при моделированииразворачивания под действием внешних сил и в экспериментах под действием денатуранта

© 2009 А.В. Глякина 1, Н.К. Балабаев 1, О.В. Галзитская 2*

1 Институт математических проблем биологии РАН

2 Институт белка РАН

Поступила в редакцию 31.03.2008
После доработки 02.06.2008

КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: структура белка, молекулярная динамика, путь сворачивания, механическое разворачивание, атом-атомные контакты, ядро сворачивания, переходное состояние.

Аннотация

В данной работе ставится вопрос: насколько совпадают пути разворачивания белковых глобул при моделировании разворачивания белков под действием внешних сил и под действием денатурантов в реальном эксперименте? Для ответа на него нами проведено сравнение опубликованных экспериментальных значений Ф и значений Ф, полученных нами при моделировании разворачивания иммуноглобулинсвязывающих доменов белков L и G под действием напряжений, вызванных равномерным увеличением расстояния между их концами. Сравнение результатов расчета с экспериментальными данными по ядрам сворачивания для двух белков показывает, что пути сворачивания для белка L совпадают, а для белка G нет, несмотря на структурное сходство этих белков.

Текст статьи

Пожалуйста, введите код, чтобы получить PDF файл с полным текстом статьи:

captcha

Сноски

* Адресат для корреспонденции и запросов оттисков.