БИОХИМИЯ, 2009, том 74, вып. 2, с. 229–237
УДК 577.322
Одни и те же или разные аминокислотные остатки ответственны за правильное и неправильное сворачивание белков?*
Институт белка РАН
Поступила в редакцию 13.08.2008
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: ядро сворачивания, амилоидная фибрилла, глобулярные белки, амилоидогенные участки, FoldUnfold, Tango, Zyggregator.
Аннотация
Для 20 белков показано, что аминокислотные остатки, входящие в экспериментально выделенное ядро сворачивания, часто вовлечены в теоретически определенные амилоидогенные фрагменты. Для 18 белков из 20 Ф-величины, отражающие степень вовлеченности аминокислотного остатка в ядро сворачивания, в среднем выше для аминокислотных остатков, находящихся в амилоидогенных участках. Амилоидогенные фрагменты для 20 белков были предсказаны с использованием двух методов, выбранными среди четырех по результатам сравнения предсказания амилоидогенных участков, известных из экспериментальных данных. Так как теоретические ядра сворачивания определяются по трехмерной структуре белка, а амилоидогенные участки по первичной структуре его цепи, то обнаруженная закономерность позволяет делать предсказания нуклеационных сайтов сворачивания по аминокислотной последовательности.
Текст статьи
Сноски
* Первоначально английский вариант рукописи был опубликован на сайте «Biochemistry» (Moscow), Papers in press, BM-08-263, 21.12.2008.