Одномерное протеомное картирование цитохромов Р450 печени человека^*

Аннотация

Разработан метод построения одномерных протеомных карт (1D-ПК) на основе данных масс-спектрометрической идентификации белков в срезах одномерного гель-электрофореза. Для построения протеомной карты участок дорожки геля разрезали на срезы толщиной менее 0,2 мМ и каждый срез подвергали ферментативному гидролизу. Образовавшуюся в результате гидролиза смесь пептидных фрагментов анализировали с использованием времяпролетной масс-спектрометрии с матричной ионизацией (MALDI-TOF) и тандемной масс-спектрометрии с электроспрейной ионизацией (LC-MS/MS). Идентификацию содержавшихся в срезе белков проводили по полученным масс-спектрам. Данные о пептидных фрагментах и соответствующих им идентифицированных белках представляли в виде 1D-ПК, на которой отмечали количество специфичных для каждого белка пептидных фрагментов в соответствии с порядковым номером среза геля. На 1D-ПК микросомальной фракции клеток печени человека в области 45–66 кДа было идентифицировано 18 белков, из которых 12 мембранных белков относились к надсемейству цитохромов Р450. Использование масс-спектрометрических данных, полученных с нескольких соседних срезов геля, приводило к увеличению степени покрытия первичных структур цитохромов Р450 семейства CYP 2А пептидными фрагментами. Максимальный уровень покрытия достигал 66%, что значительно превосходило уровень 48%, который можно получить для одного, даже наиболее информативного среза. Разработанный метод рекомендуется для протеомного профилирования мембранных белков.

Текст статьи

Пожалуйста, введите код, чтобы получить PDF файл с полным текстом статьи: